Assis Brasil nasceu no antigo seringal Paraguaçu, explorado em 1958 pelos irmãos Freire, do Maranhão. Em 1958 foi denominada Vila de Assis Brasil, em homenagem a Francisco de Assis Brasil, o político e diplomata que negociou juntamente com o Barão de Rio Branco, Ministro de Estado das Relações Exteriores, a compra do Acre do governo boliviano. Foi de sua responsabilidade a redação do Tratado de Petrópolis que definiu a posse desse território pelo Brasil. Assis Brasil está localizado à margem esquerda do Rio Acre. Ao sul de Assis Brasil, do outro lado do rio, está a cidade de São Pedro de Bolpebra, pertencente ao departamento de Pando, território boliviano. A oeste da sede municipal, também ao sul do território do município, encontra-se o Rio Yaverija que desemboca na margem direita do Rio Acre. Neste local está situada a cidade peruana de Iñapari. Este ponto constitui-se no ponto tripartite Brasil-Bolívia-Peru, junção de três fronteiras. Em 1976, Assis Brasil foi elevada à categoria de município sendo desmembrada do Município de Brasiléia.